او از افراد برجسته‌ی زمان خود بود. سید اسماعیل جرجانی در نیمه‌ی دوم قرن پنجم و نیمه‌ی اول قرن ششم هجری می‌زیسته است؛ یعنی تماماً در دوره‌ای که ایران شرقی زیر سلطه‌ی سلسله‌ی نیرومند تازه‌به‌قدرت‌رسیده‌ی ترکان سلجوقی بود. سید اسماعیل جرجانی در حدود سال 435 هجری در شهر گرگان یا جرجان، در شمال شرقی ایران کنونی، متولد شد. ویرانه‌های آن شهر قدیمی هنوز هم در سمت غربی شهر گنبد قابوس یافت می‌شود. درست در همین سال بود که طغرل ـ سردار سلجوقی ـ شهر گرگان را به تصرف درآورد. مورخان در تاریخ درگذشت جرجانی در مرو، سال‌های متفاوتی را ضبط کرده‌اند؛ از 530 تا 535 هجری. در این میان سال 531 هجری بیش از همه تکرار شده است. 
 

برای آموختن پزشکی، وی در مجالس درس ابن ابی صادق النیسابوری شرکت می‌کرد. جرجانی از طریق همین ابن ابی صادق با طب جالینوسی آشنایی یافت. احتمال دارد که جرجانی در مجالس درس احمد فرخ هم شرکت می‌کرده است؛ زیرا که در گفتار در باب چشم، اقوال او را نقل کرده است. اما درباره‌ی چگونگی زندگی عملی او تا زمانی که به خوارزم رفت، هیچ نمی‌دانیم، جز این‌که به احتمال قوی کم سفر می‌کرده است. 

مسلم است که در سال 504 هجری که جرجانی خدمت خود را به قطب‌الدین محمد خوارزمشاه عرضه کرد، به اندازه‌ی کافی شهرت و تبحر داشته است. جرجانی هم پزشک دربار قطب‌الدین محمد بود و هم در رأس داروخانه‌ی شهر جای داشت. به گفته‌ی ابن ابی اصیبعه، ریاست داروخانه‌ی شهر شغل پر درآمدی بود و هر ماه هزار دینار از خزانه‌ی شاهی به متصدی آن پرداخت می‌شد. این همه کار مانع از آن نمی‌شد که جرجانی تألیف کتاب خود را ادامه دهد. او پزشک دربار بود و در این مقام، افزون بر درمان معمولی رایج در آن عصر، رایزن دربار در رشته‌های مختلف نیز بود و به هرگونه پرسش سلطان درباره‌ی علوم طبیعی پاسخ می‌گفت. 
 

او پزشک نظامی نیز بود و این از فصل‌هایی از کتابش که به زخم‌های سوارکاران و آسیب‌های پوست و زخم‌های ناشی از جنگ اختصاص داده است، معلوم می‌شود. نکته‌ی جالب این است که تنها موردی که در «اَغراض‌ُالطبّیه» به چشم‌پزشکی اشاره دارد، مربوط به زخم پیکان در چشم است. جرجانی همچنین پزشک مردم بود و به احوال و شرایط زندگی مردم توجه داشت و به شیوه‌های نادرست غذایی آنان خرده می‌گرفت و توصیه‌هایی می‌کرد. اهمیت جرجانی در طب از دو جهت است؛ اول این‌که پس از ابن سینا اولین طبیبی است که کلیه‌ی فصول پزشکی را مورد مداقّه و بحث قرار داده و بر دانش گذشتگان افزوده است. جهت دوم این است که بخش اعظم کتاب‌های خود را به زبان فارسی تألیف کرده که تا آن زمان کسی به این وسعت به تدوین متون پزشکی به زبان فارسی اقدام نکرده بود. 
 

از جمله آثار او:

التحفه‌السعدیه ـ ذخیره‌ی خوارزمشاهی ـ کتاب الرد علی الفلاسفه ـ الیوم و اللیله ـ وصیت‌نامه ـ رساله متنبهه (رساله بیدارکننده) ـ زبده‌الطب که دو روایت فارسی و عربی آن در یک نسخه‌ی خطی مورخ 1161 هجری قمری در کتابخانه‌ی ملی پاریس یافت می‌شود ـ طب الملوکی ـ تاریخ تألیف الاغراض‌الطبیه ـ مباحث‌العلائیه

کتاب‌های او به ویژه «ذخیره‌ی خوارزمشاهی» که به ذخیره معروف است، متنی اساسی و ماندنی در علوم پزشکی و مأخذی برای اصطلاحات این رشته و حوزه‌های مربوط است. کتاب ذخیره‌ی خوارزمشاهی از زمان تألیف به بعد همواره جزء ارکان کتب طبی شمرده می‌شده است و بنا به قولی، هرکه می‌خواست در پزشکی ماهر شود، می‌بایست یکی از کتاب‌های سته عشر جالینوس، اَلحاوی محمد زکریای رازی، قانون ابن سینا، کتاب المائه ابوسهل مسیحی و ذخیره‌ی خوارزمشاهی سید اسماعیل جرجانی را به دقت مطالعه کرده باشد. بر اثر اهمیتی که ذخیره در عالم پزشکی پیدا کرده، ترجمه‌ای از آن به عبری و سپس ترجمه‌ای به ترکی توسط ابوالفضل محمد بن ادریس الدفتری صورت گرفت.